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研究院可以注册公司。有两种常见的方式供选择。

一种方式是直接注册公司，只要符合相关法律规定即可，另一种方式是将研究院改制为公司制企业，即先注销研究院，再以原研究院的投资者（也就是股东）身份设立公司制企业，这种方式需要注意改制过程中涉及的相关法律规定和程序，如果研究院属于国有性质，需要特别注意国有资产的处置和相关部门的审批手续，注册公司的名称可能受到某些限制，例如某些名称可能已被其他公司使用或受到保护，因此在注册前需要进行充分的调研和查询，具体的操作过程可以咨询专业的律师或代理机构。

仅供参考，建议咨询专业的法律服务机构以获得更准确的建议。